CaiGui's blog

今天实验室网站停止访问了，经检查是因为我关闭了服务器的80端口导致certbot的自动续签不能执行，已开放80端口，已修改20220611关于certbot使用方法的文章

鉴于现在博客内文章分类、检索、查看还是不够方便，因此有一个设想：使用R bookdown包，将文档分类整理，各自写成一本书。

2023年6月，Horticulture Research 上线了安徽农业大学园艺学院、安徽农业大学信息与计算机学院、四川大学生命科学学院等多家单位合作完成的题为quarTeT: a telomere-to-telomere toolkit for gap-free genome assembly and centromeric repeat identification的研究论文。

该研究开发了一款名为quarTeT的T2T基因组组装与端粒/着丝粒鉴定工具包，包含AssemblyMapper、GapFiller、TeloExplorer和CentroMiner四个子工具。

经过一番操作，CAFE_fig这个最后一次更新在四年前的包，终于成功运行了。不过我现在也不确定是哪一步把它弄好了😂。所以说使用这些老包的时候遇到问题还是不要放弃的太早啊

注：应该是加了一步`export QT_QPA_PLATFORM=offscreen`

https://hemtools.readthedocs.io/en/latest/index.html

HemTools, a collection of NGS pipelines and bioinformatic analyses. The code here is tailored specifically for HPCF at Stjude. It may not work directly outside Stjude.

内容非常丰富，值得学习。

https://rviews.rstudio.com/

RStudio的博客，每个月会介绍当月的top 40新R包，可以学学新知识

一些R中的调色板，RColorBrewer，viridis，ggsci，wesanderson。其中wesanderson的Zissou1颜色，作为常用的RdYlBu的替代很好看。

在用schex画六边形图时，theme(aspect.ratio = 1)可以调整图形为正六边形，但coord_equal()和coord_fixed(ratio = 1)不行

Jores, T., Tonnies, J., Wrightsman, T. et al. Synthetic promoter designs enabled by a comprehensive analysis of plant core promoters. Nat. Plants 7, 842–855 (2021). https://doi.org/10.1038/s41477-021-00932-y

21年发表在NP上的这篇文章，通过STARR-seq（自转录活性调控区测序），测了拟南芥，玉米，高粱几乎所有基因的核心启动子活性（每个启动子长度为转录起始位点的-165至+5，共170bp）。同时发现了一些影响启动子强度的因素，如TATA box，GC含量和近端的转录因子结合位点。并通过建模设计出了能和35S活性媲美的启动子。

每次一加油松，orthofinder的物种树就乱了，奇怪