CaiGui's blog

在用schex画六边形图时，theme(aspect.ratio = 1)可以调整图形为正六边形，但coord_equal()和coord_fixed(ratio = 1)不行

Jores, T., Tonnies, J., Wrightsman, T. et al. Synthetic promoter designs enabled by a comprehensive analysis of plant core promoters. Nat. Plants 7, 842–855 (2021). https://doi.org/10.1038/s41477-021-00932-y

21年发表在NP上的这篇文章，通过STARR-seq（自转录活性调控区测序），测了拟南芥，玉米，高粱几乎所有基因的核心启动子活性（每个启动子长度为转录起始位点的-165至+5，共170bp）。同时发现了一些影响启动子强度的因素，如TATA box，GC含量和近端的转录因子结合位点。并通过建模设计出了能和35S活性媲美的启动子。

每次一加油松，orthofinder的物种树就乱了，奇怪

2023年6月15日，中国农业大学国家玉米改良中心、玉米生物育种全国重点实验室赖锦盛教授团队以题为“A complete telomere-to-telomere assembly of the maize genome”在国际知名期刊Nature Genetics《自然·遗传学》上在线发表了玉米全基因组所有染色体端粒到端粒完整无间隙组装结果，在复杂动植物基因组中第一个实现真正意义上的全基因组完整无间隙组装。

在github上提供了很多处理的脚本，也许可以学习一下

根据以下两篇文章，在大的进化尺度上构建进化树用mafft+不修剪的策略可能更好(Clustal Omega真是巨慢)：
https://help.geneious.com/hc/en-us/articles/360044627712-Which-multiple-alignment-algorithm-should-I-use-

https://doi.org/10.1093%2Fsysbio%2Fsyv033

更新了三篇旧笔记上来

根据对该页面的统计（https://www.arabidopsis.org/browse/genefamily/index.jsp），拟南芥共有165个基因家族，包括8948个基因

根据bam比对的情况，对SkPLTb-SK01G05700的蛋白序列进行了调整，muscle成功比对到了4个euANT，mafft只比对到2个，以后就用muscle好了

今天额外更新了8篇文章，来源于2022年6月11日对之前网站内文章的备份，现在整理发布在这里，应该还有些参考价值吧

BRAKER3更新了，有空了用一下试试，当初BRAKER2的BUG太多只能放弃了