CaiGui's blog

一个压缩程度适当的pdf在线压缩网站……

https://www.ilovepdf.com/

突然发现docker pull用不了了，查了查才发现被封了……

Arm版本Mac，安装x86_64版本的R时，目前会导致Positron这个IDE无法启动R，根据github.com/posit-dev/positron/issues/3070，这是个待修复的BUG

seurat v4版本的文件可以在v5版本上正常umapplot，但v5版本的文件不能在v4版本上使用umapplot。不错，起码向下还兼容了

服务器给mac使用scp传输文件，需要打开mac的通用-共享-远程登录，否则会报22端口的Connection refused

在mac上通过修改vim ~/.Renviron，添加R_MAX_VSIZE=100Gb，可以解决pheatmap画图中的Error: vector memory exhausted (limit reached?)报错

发现一本讲述《早期陆地植物》的在线书，20多年前写的，现在还能看，记录并分享给大家

https://ucmp.berkeley.edu/IB181/VPL/Elp/ElpTitle.html

实验室一些常用的测序公司，记录一下：擎科（主要用来Sanger）、欧易、联川、美吉、晶能、诺禾、希望组、贝瑞。
另外我的微信好友列表还有基迪奥、伯豪、翌圣、菲沙、华大的销售。

另外还有百迈客也算耳熟。

最近还听说了吉因加，派森诺

今天突然发现实验室网站又又又又又又又又又又打不开了，发现原因是因为磁盘满了，检查后首先发现var/log/journal/的日志占了不少空间，使用以下命令清理后网站恢复正常。我还得再检查检查空间都去哪儿了。

add：删除了不用的docker镜像

add：发现halo在/var/lib/docker/containers/e3269169……路径下的log文件就有11G，清理掉。另外postgres数据库的log文件也不小了，同样清理掉。

# 设置var/log/journal/目录下的日志最大不超过10M
sudo journalctl --vacuum-size=10M 

# 清理docker的log文件
# 切换root用户
su
cd /var/lib/docker/containers/********
# 删除所有的特别大的log文件
cat /dev/null > e32691695*************-json.log

# 设置docke的log文件大小
vim /etc/docker/daemon.json
# --------------------------------
{
    "log-driver":"json-file",
    "log-opts":{
        "max-size" :"50m",
        "max-file":"1"
    }
}
# --------------------------------
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker

trimal中参数的设置，有的范围是0-1，有的范围是0-100，甚至还有-gapthreshold这个参数，你设置0.8的话，实际工作用的值是1-0.8=0.2，晕了