CaiGui's blog

Rhizomes: Hidden Stems with Unknown Diversity
Plant Roots：The Hidden Half, Fifth Edition
下个电子书太难了

有空可以研究部署一下CrowdSec来保护云服务器

开发BEAST软件的实验室写了一本新书，《Decoding Genomes: From Sequences to Phylodynamics》，售价换算成人民币三四百元，但可以免费下载，400页的pdf，令人感动

https://decodinggenomes.org/

找到安装过的包在哪个环境？
for env in $(mamba env list | awk 'NR>2 {print $1}'); do

if mamba list -n "$env" minimap2 2>/dev/null | grep -q minimap2; then

echo "✅ minimap2 在环境: $env"

fi

done

✅ minimap2 在环境: gape

✅ minimap2 在环境: inspector

✅ minimap2 在环境: quast

shinyserver如何上传文件大小从默认的5M改为50M？
分别在app.R和nginx配置文件加入以下内容

# R
options(shiny.maxRequestSize = 50*1024^2)
# 实验室网站nginx配置文件
    location /shiny {
        client_max_body_size 50M;
    }

启用root远程登录

sudo vim /etc/ssh/sshd_config

# 添加以下两行
PermitRootLogin yes
PasswordAuthentication yes

# 重启ssh服务
sudo systemctl restart sshd

# linux java11升级到java17
sudo apt update && sudo apt upgrade -y
sudo apt autoremove
sudo apt install software-properties-common
sudo add-apt-repository ppa:openjdk-r/ppa --yes --update
sudo apt update
sudo apt install openjdk-17-jdk

mac可以ssh连接实验室服务器，roytal tsx连接时显示No route to host。
最终解决方法，在mac-设置-隐私与安全性-本地网络中，开放royal tsx的权限。
费劲啊mac！

Q：
推荐一些在“植物进化”，“动物进化”，“生命进化、起源”方面的高质量科普书

ChatGPT：
以下是几本关于“植物进化”、“动物进化”和“生命进化与起源”的高质量科普书推荐：

植物进化

1. 《The Emerald Planet: How Plants Changed Earth's History》
   作者：David Beerling
   探讨植物如何塑造地球环境，结合古生物学与植物学的视角。

2. 《Plants That Changed the World》
   作者：Chris Beardshaw
   讲述在人类历史中具有重要意义的植物及其进化过程。

动物进化

1. 《Your Inner Fish: A Journey into the 3.5-Billion-Year History of the Human Body》
   作者：Neil Shubin
   通过人类身体结构探索其动物进化起源，深入浅出。

2. 《Endless Forms Most Beautiful: The New Science of Evo Devo》
   作者：Sean B. Carroll
   聚焦进化发育生物学（Evo Devo），解析动物形态多样性的起源。

生命进化与起源

1. 《The Vital Question: Energy, Evolution, and the Origins of Complex Life》
   作者：Nick Lane
   探讨复杂生命起源的能量基础。

2. 《Life Ascending: The Ten Great Inventions of Evolution》
   作者：Nick Lane
   描述生命演化中的十个关键发明，包括DNA、性别和意识。

这些书籍结合科学研究和生动叙述，适合对生命和进化感兴趣的读者。

TAIR突变体表型汇总下载地址：https://www.arabidopsis.org/download/file?path=Public_Data_Releases/TAIR_Data_20230930/TAIR_Data_20230930/Locus_Germplasm_Phenotype_20230930.txt.gz