CaiGui's blog

在github-juiceboxGUI中下载了v3.1.4，在手动校正阶段遇到bug。折腾了好几天，通过“灵光一现”在github-Juicebox中下载旧版v2.17.00解决。我是mac-m1。
比较旧的软件，也找不到解决方法，几天时间就又这么在怀疑人生中度过了……

ps: 旧版的仅仅可以解决一部分……，继续折腾中

https://bioinformatics.uconn.edu/genome-size-estimation-tutorial/

应该是最好的一个kmer原理教程了吧

一些解析Haplotype-resolved基因组的文章

Zhou, Q., Tang, D., Huang, W. et al. Haplotype-resolved genome analyses of a heterozygous diploid potato. Nat Genet 52, 1018–1023. 2020

Sun, X., Jiao, C., Schwaninger, H. et al. Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication. 2020

Chen H et al., Allele-aware chromosome-level genome assembly and efficient transgene-free genome editing for the autotetraploid cultivated alfalfa. 2020

Garg S et al. Chromosome-scale, haplotype-resolved assembly of humangenomes. 2020

Cheng, H., Concepcion, G.T., Feng, X., Zhang, H., Li H. Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm. 2021

2023年发布的verkko可以组合Oxford Nanopore和PacBio HiFi的读数组装基因组。但是conda下载的1.0版本好像还没有添加only HiFi的功能，github上的最新版也懒得去测试了

河南农大的姚文教授，用shiny做了很多在线数据库的工作，并且开源了所有代码，致敬并学习👍

附：姚教授的网站

https://venyao.xyz/Tools.html

http://www.biomarker.com.cn/archives/19385

百迈克的一篇文章，总结了BSA的历史

今天了解到了PlantCV这样一个针对植物表型分析的软件，基于最近reviewer提出的问题，值得学习和使用。

看完二代的survey发现之前基因组大小往多预估了25%。好消息是不用安排补测了，坏消息是多花了1/4的钱，希望组装质量能更高吧！

https://github.com/OpenGene/fastp/issues/491

今天使用fastp v0.23.3处理数据的时候提示"ERROR: Read name line should start with '@'"，检查了半天数据也没发现哪一行出问题了。搜索后发现别人也遇到了类似问题（以上链接），更新最新版fastp v0.23.4后解决，"mamba install -c bioconda fastp=0.23.4 -y"。

用shiny写了一个9个物种间基因转换的小工具，但是1to1的话感觉不太够用，还想添加一个1to3或者1to5的功能，但是这么大的数据量肯定得上数据库了。现在9个物种1to1的表格已经有1776025行了，1to5的话就是千万行的表格了，抽空学一下数据库吧，迟早都得学。（或者再用HDF5？）