CaiGui's blog

经过一番操作，CAFE_fig这个最后一次更新在四年前的包，终于成功运行了。不过我现在也不确定是哪一步把它弄好了😂。所以说使用这些老包的时候遇到问题还是不要放弃的太早啊

注：应该是加了一步`export QT_QPA_PLATFORM=offscreen`

https://hemtools.readthedocs.io/en/latest/index.html

HemTools, a collection of NGS pipelines and bioinformatic analyses. The code here is tailored specifically for HPCF at Stjude. It may not work directly outside Stjude.

内容非常丰富，值得学习。

https://rviews.rstudio.com/

RStudio的博客，每个月会介绍当月的top 40新R包，可以学学新知识

一些R中的调色板，RColorBrewer，viridis，ggsci，wesanderson。其中wesanderson的Zissou1颜色，作为常用的RdYlBu的替代很好看。

在用schex画六边形图时，theme(aspect.ratio = 1)可以调整图形为正六边形，但coord_equal()和coord_fixed(ratio = 1)不行

Jores, T., Tonnies, J., Wrightsman, T. et al. Synthetic promoter designs enabled by a comprehensive analysis of plant core promoters. Nat. Plants 7, 842–855 (2021). https://doi.org/10.1038/s41477-021-00932-y

21年发表在NP上的这篇文章，通过STARR-seq（自转录活性调控区测序），测了拟南芥，玉米，高粱几乎所有基因的核心启动子活性（每个启动子长度为转录起始位点的-165至+5，共170bp）。同时发现了一些影响启动子强度的因素，如TATA box，GC含量和近端的转录因子结合位点。并通过建模设计出了能和35S活性媲美的启动子。

每次一加油松，orthofinder的物种树就乱了，奇怪

2023年6月15日，中国农业大学国家玉米改良中心、玉米生物育种全国重点实验室赖锦盛教授团队以题为“A complete telomere-to-telomere assembly of the maize genome”在国际知名期刊Nature Genetics《自然·遗传学》上在线发表了玉米全基因组所有染色体端粒到端粒完整无间隙组装结果，在复杂动植物基因组中第一个实现真正意义上的全基因组完整无间隙组装。

在github上提供了很多处理的脚本，也许可以学习一下

根据以下两篇文章，在大的进化尺度上构建进化树用mafft+不修剪的策略可能更好(Clustal Omega真是巨慢)：
https://help.geneious.com/hc/en-us/articles/360044627712-Which-multiple-alignment-algorithm-should-I-use-

https://doi.org/10.1093%2Fsysbio%2Fsyv033

更新了三篇旧笔记上来