• @caigui caigui October 19 2023

    20231019

    mac随航突然检测不到ipad怎么办?

    关闭mac有线网,使用实验室wifi,ipad也连接实验室wifi,然后随航可以检测到了?然后切换回之前的网络就好。

    不确定100%管用,反正这次管用了……
    20231227更新,上面方法在多次使用成功后突然也不好使了,经过搜索,在mac和ipad的设置中重新登陆apple id后,mac可以检测到ipad,但连接显示报错-6709。又经过搜索,打开了ipad设置中iCloud的钥匙串,终于再次连接成功(mac端我这里之前就是打开的)。

    20240115更新,mac的网络共享功能也可能会有影响,关了后好像更容易打开随航

    随航这功能用出了解密的感觉,我真的是服啦!

    20240124更新,还是在ipad重新登陆apple id最好用

    20250310更新,关键是随航开启时,ipad要连上网络,否则可能会连接超时。

    20250528更新,究极办法?重启mac/ipad并重新登录,打开两个设备的wifi/随航/蓝牙,ipad连上网络,可以是手机热点。然后再开启随航。垃圾苹果!!!

  • @caigui caigui October 14 2023

    https://www.plabipd.de/plant_genomes_pn.ep

    小翠云的基因组已经可以在我经常用的这个网站上查询到了,搜索“Selaginella kraussiana”即可,👍

  • @caigui caigui September 21 2023

    在github-juiceboxGUI中下载了v3.1.4,在手动校正阶段遇到bug。折腾了好几天,通过“灵光一现”在github-Juicebox中下载旧版v2.17.00解决。我是mac-m1。
    比较旧的软件,也找不到解决方法,几天时间就又这么在怀疑人生中度过了……

    ps: 旧版的仅仅可以解决一部分……,继续折腾中

  • @caigui caigui September 19 2023
  • @caigui caigui August 30 2023

    一些解析Haplotype-resolved基因组的文章

    Zhou, Q., Tang, D., Huang, W. et al. Haplotype-resolved genome analyses of a heterozygous diploid potato. Nat Genet 52, 1018–1023. 2020

    Sun, X., Jiao, C., Schwaninger, H. et al. Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication. 2020

    Chen H et al., Allele-aware chromosome-level genome assembly and efficient transgene-free genome editing for the autotetraploid cultivated alfalfa. 2020

    Garg S et al. Chromosome-scale, haplotype-resolved assembly of humangenomes. 2020

    Cheng, H., Concepcion, G.T., Feng, X., Zhang, H., Li H. Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm. 2021

  • @caigui caigui August 30 2023

    2023年发布的verkko可以组合Oxford Nanopore和PacBio HiFi的读数组装基因组。但是conda下载的1.0版本好像还没有添加only HiFi的功能,github上的最新版也懒得去测试了

  • @caigui caigui August 28 2023

    河南农大的姚文教授,用shiny做了很多在线数据库的工作,并且开源了所有代码,致敬并学习👍

    附:姚教授的网站

    https://venyao.xyz/Tools.html

  • @caigui caigui July 21 2023

    http://www.biomarker.com.cn/archives/19385

    百迈克的一篇文章,总结了BSA的历史

  • @caigui caigui July 18 2023

    今天了解到了PlantCV这样一个针对植物表型分析的软件,基于最近reviewer提出的问题,值得学习和使用。

  • @caigui caigui July 17 2023

    看完二代的survey发现之前基因组大小往多预估了25%。好消息是不用安排补测了,坏消息是多花了1/4的钱,希望组装质量能更高吧!