CaiGui's blog

看完二代的survey发现之前基因组大小往多预估了25%。好消息是不用安排补测了，坏消息是多花了1/4的钱，希望组装质量能更高吧！

https://github.com/OpenGene/fastp/issues/491

今天使用fastp v0.23.3处理数据的时候提示"ERROR: Read name line should start with '@'"，检查了半天数据也没发现哪一行出问题了。搜索后发现别人也遇到了类似问题（以上链接），更新最新版fastp v0.23.4后解决，"mamba install -c bioconda fastp=0.23.4 -y"。

用shiny写了一个9个物种间基因转换的小工具，但是1to1的话感觉不太够用，还想添加一个1to3或者1to5的功能，但是这么大的数据量肯定得上数据库了。现在9个物种1to1的表格已经有1776025行了，1to5的话就是千万行的表格了，抽空学一下数据库吧，迟早都得学。（或者再用HDF5？）

今天实验室网站停止访问了，经检查是因为我关闭了服务器的80端口导致certbot的自动续签不能执行，已开放80端口，已修改20220611关于certbot使用方法的文章

鉴于现在博客内文章分类、检索、查看还是不够方便，因此有一个设想：使用R bookdown包，将文档分类整理，各自写成一本书。

2023年6月，Horticulture Research 上线了安徽农业大学园艺学院、安徽农业大学信息与计算机学院、四川大学生命科学学院等多家单位合作完成的题为quarTeT: a telomere-to-telomere toolkit for gap-free genome assembly and centromeric repeat identification的研究论文。

该研究开发了一款名为quarTeT的T2T基因组组装与端粒/着丝粒鉴定工具包，包含AssemblyMapper、GapFiller、TeloExplorer和CentroMiner四个子工具。

经过一番操作，CAFE_fig这个最后一次更新在四年前的包，终于成功运行了。不过我现在也不确定是哪一步把它弄好了😂。所以说使用这些老包的时候遇到问题还是不要放弃的太早啊

注：应该是加了一步`export QT_QPA_PLATFORM=offscreen`

https://hemtools.readthedocs.io/en/latest/index.html

HemTools, a collection of NGS pipelines and bioinformatic analyses. The code here is tailored specifically for HPCF at Stjude. It may not work directly outside Stjude.

内容非常丰富，值得学习。

https://rviews.rstudio.com/

RStudio的博客，每个月会介绍当月的top 40新R包，可以学学新知识

一些R中的调色板，RColorBrewer，viridis，ggsci，wesanderson。其中wesanderson的Zissou1颜色，作为常用的RdYlBu的替代很好看。