CaiGui's blog

2023年6月15日，中国农业大学国家玉米改良中心、玉米生物育种全国重点实验室赖锦盛教授团队以题为“A complete telomere-to-telomere assembly of the maize genome”在国际知名期刊Nature Genetics《自然·遗传学》上在线发表了玉米全基因组所有染色体端粒到端粒完整无间隙组装结果，在复杂动植物基因组中第一个实现真正意义上的全基因组完整无间隙组装。

在github上提供了很多处理的脚本，也许可以学习一下

根据以下两篇文章，在大的进化尺度上构建进化树用mafft+不修剪的策略可能更好(Clustal Omega真是巨慢)：
https://help.geneious.com/hc/en-us/articles/360044627712-Which-multiple-alignment-algorithm-should-I-use-

https://doi.org/10.1093%2Fsysbio%2Fsyv033

更新了三篇旧笔记上来

根据对该页面的统计（https://www.arabidopsis.org/browse/genefamily/index.jsp），拟南芥共有165个基因家族，包括8948个基因

根据bam比对的情况，对SkPLTb-SK01G05700的蛋白序列进行了调整，muscle成功比对到了4个euANT，mafft只比对到2个，以后就用muscle好了

今天额外更新了8篇文章，来源于2022年6月11日对之前网站内文章的备份，现在整理发布在这里，应该还有些参考价值吧

BRAKER3更新了，有空了用一下试试，当初BRAKER2的BUG太多只能放弃了

今天用mambaforge替代了miniconda3

今天把conda从4.11.0（2021.11.23发布）升级到了23.3.1（2023.03.30发布），只一年半，这个版本号竟然跨度这么大，看了看发布历史，4.14.0的下一个版本就是22.9.0了。了解了下，原来是切换到了CalVer版本系统，比如23.3.0就代表了2023年3月份第1个更新

摘抄自林木科学评论：
2023年2月，Corteva Agriscience公司William Gordon-Kamm团队在Nature Plants期刊上发表了题为“Leaf transformation for efficient random integration and targeted genome modification in maize and sorghum”的研究论文。本研究在玉米中开发了基于叶片供体材料的高效转化系统，利用新启动子组合驱动Babyboom (Bbm)和Wuschel 2 (Wus2) 形态发生基因的表达，为禾本科植物的遗传转化和基因组编辑提供了一种普适性的方法。
1. Nos::Wus2和3xEnh-Ubi::Bbm 表现出强烈而快速的生长响应，显著促进了体胚诱导效率
2. 由于超表达Wus2/Bbm对转基因植株正常生长发育具有副作用，因此该体系将构建的载体引入LoxP重组位点，在T0植物再生之前切除Wus2/Bbm和Cre重组酶基因表达框
3. 研究发现嘧啶醇预处理植株和适当提高培养温度均可以提高转化效率

4. 在所有测试的物种中都产生了胚性组织，并且在九个物种中的七个再生了具有健康芽和根的T0植株