• @caigui caigui November 09 2023

    在将拟南芥的注释导向hdf5格式后,发现AT1G09090和AT3G57990因为注释文件中含有德语字母“ß”而无法被正常读取。另外AT3G06580因为有“Ä”也无法被读取。

    即使是排除了这三个基因,仍然无法读取剩余全部基因,说明还有基因的注释有问题。

    https://docs.hdfgroup.org/archive/support/HDF5/doc1.8/Advanced/UsingUnicode/index.html

    使用以下命令修改从上一条杂中下载到的最新注释中的Curator_summary列,即可正常读取。

    `annot_convert <- annot %>%

    mutate(Curator_summary = iconv(Curator_summary, "UTF-8", "ASCII//TRANSLIT"))`

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  • @caigui caigui November 01 2023

    拟南芥最新注释文件下载路径:TAIR_home——Download——Public Data Releases——下拉下载最新的

    https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FPublic_Data_Releases

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  • @caigui caigui October 25 2023

    今天又遇到一个坑,计算LAI时,LTR_FINDER_parallel命令输出的fa文件,需要简化每条序列的名称。如下。

    # 简化前 >ptg000045l start:0 end:62716

    # 简化后 >ptg000045l

    如果不简化,那么在后续的LTR_retriever中,会提示ERROR: No candidate is found in the file(s) you specified.

    又耽搁了半小时,希望有缘人能搜到这里🐶

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  • @caigui caigui October 19 2023

    20231019

    mac随航突然检测不到ipad怎么办?

    关闭mac有线网,使用实验室wifi,ipad也连接实验室wifi,然后随航可以检测到了?然后切换回之前的网络就好。

    不确定100%管用,反正这次管用了……
    20231227更新,上面方法在多次使用成功后突然也不好使了,经过搜索,在mac和ipad的设置中重新登陆apple id后,mac可以检测到ipad,但连接显示报错-6709。又经过搜索,打开了ipad设置中iCloud的钥匙串,终于再次连接成功(mac端我这里之前就是打开的)。

    20240115更新,mac的网络共享功能也可能会有影响,关了后好像更容易打开随航

    随航这功能用出了解密的感觉,我真的是服啦!

    20240124更新,还是在ipad重新登陆apple id最好用

    20250310更新,关键是随航开启时,ipad要连上网络,否则可能会连接超时。

    20250528更新,究极办法?重启mac/ipad并重新登录,打开两个设备的wifi/随航/蓝牙,ipad连上网络,可以是手机热点。然后再开启随航。垃圾苹果!!!

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  • @caigui caigui October 14 2023

    https://www.plabipd.de/plant_genomes_pn.ep

    小翠云的基因组已经可以在我经常用的这个网站上查询到了,搜索“Selaginella kraussiana”即可,👍

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  • @caigui caigui September 21 2023

    在github-juiceboxGUI中下载了v3.1.4,在手动校正阶段遇到bug。折腾了好几天,通过“灵光一现”在github-Juicebox中下载旧版v2.17.00解决。我是mac-m1。
    比较旧的软件,也找不到解决方法,几天时间就又这么在怀疑人生中度过了……

    ps: 旧版的仅仅可以解决一部分……,继续折腾中

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  • @caigui caigui September 19 2023

    https://bioinformatics.uconn.edu/genome-size-estimation-tutorial/

    应该是最好的一个kmer原理教程了吧

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  • @caigui caigui August 30 2023

    一些解析Haplotype-resolved基因组的文章

    Zhou, Q., Tang, D., Huang, W. et al. Haplotype-resolved genome analyses of a heterozygous diploid potato. Nat Genet 52, 1018–1023. 2020

    Sun, X., Jiao, C., Schwaninger, H. et al. Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication. 2020

    Chen H et al., Allele-aware chromosome-level genome assembly and efficient transgene-free genome editing for the autotetraploid cultivated alfalfa. 2020

    Garg S et al. Chromosome-scale, haplotype-resolved assembly of humangenomes. 2020

    Cheng, H., Concepcion, G.T., Feng, X., Zhang, H., Li H. Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm. 2021

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  • @caigui caigui August 30 2023

    2023年发布的verkko可以组合Oxford Nanopore和PacBio HiFi的读数组装基因组。但是conda下载的1.0版本好像还没有添加only HiFi的功能,github上的最新版也懒得去测试了

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  • @caigui caigui August 28 2023

    河南农大的姚文教授,用shiny做了很多在线数据库的工作,并且开源了所有代码,致敬并学习👍

    附:姚教授的网站

    https://venyao.xyz/Tools.html

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