CaiGui's blog

今天又遇到一个坑，计算LAI时，LTR_FINDER_parallel命令输出的fa文件，需要简化每条序列的名称。如下。

# 简化前 >ptg000045l start:0 end:62716

# 简化后 >ptg000045l

如果不简化，那么在后续的LTR_retriever中，会提示ERROR: No candidate is found in the file(s) you specified.

又耽搁了半小时，希望有缘人能搜到这里🐶

20231019

mac随航突然检测不到ipad怎么办？

关闭mac有线网，使用实验室wifi，ipad也连接实验室wifi，然后随航可以检测到了？然后切换回之前的网络就好。

不确定100%管用，反正这次管用了……
20231227更新，上面方法在多次使用成功后突然也不好使了，经过搜索，在mac和ipad的设置中重新登陆apple id后，mac可以检测到ipad，但连接显示报错-6709。又经过搜索，打开了ipad设置中iCloud的钥匙串，终于再次连接成功（mac端我这里之前就是打开的）。

20240115更新，mac的网络共享功能也可能会有影响，关了后好像更容易打开随航

随航这功能用出了解密的感觉，我真的是服啦！

20240124更新，还是在ipad重新登陆apple id最好用

20250310更新，关键是随航开启时，ipad要连上网络，否则可能会连接超时。

https://www.plabipd.de/plant_genomes_pn.ep

小翠云的基因组已经可以在我经常用的这个网站上查询到了，搜索“Selaginella kraussiana”即可，👍

在github-juiceboxGUI中下载了v3.1.4，在手动校正阶段遇到bug。折腾了好几天，通过“灵光一现”在github-Juicebox中下载旧版v2.17.00解决。我是mac-m1。
比较旧的软件，也找不到解决方法，几天时间就又这么在怀疑人生中度过了……

ps: 旧版的仅仅可以解决一部分……，继续折腾中

https://bioinformatics.uconn.edu/genome-size-estimation-tutorial/

应该是最好的一个kmer原理教程了吧

一些解析Haplotype-resolved基因组的文章

Zhou, Q., Tang, D., Huang, W. et al. Haplotype-resolved genome analyses of a heterozygous diploid potato. Nat Genet 52, 1018–1023. 2020

Sun, X., Jiao, C., Schwaninger, H. et al. Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication. 2020

Chen H et al., Allele-aware chromosome-level genome assembly and efficient transgene-free genome editing for the autotetraploid cultivated alfalfa. 2020

Garg S et al. Chromosome-scale, haplotype-resolved assembly of humangenomes. 2020

Cheng, H., Concepcion, G.T., Feng, X., Zhang, H., Li H. Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm. 2021

2023年发布的verkko可以组合Oxford Nanopore和PacBio HiFi的读数组装基因组。但是conda下载的1.0版本好像还没有添加only HiFi的功能，github上的最新版也懒得去测试了

河南农大的姚文教授，用shiny做了很多在线数据库的工作，并且开源了所有代码，致敬并学习👍

附：姚教授的网站

https://venyao.xyz/Tools.html

http://www.biomarker.com.cn/archives/19385

百迈克的一篇文章，总结了BSA的历史

今天了解到了PlantCV这样一个针对植物表型分析的软件，基于最近reviewer提出的问题，值得学习和使用。