CaiGui's blog

2023年发布的verkko可以组合Oxford Nanopore和PacBio HiFi的读数组装基因组。但是conda下载的1.0版本好像还没有添加only HiFi的功能，github上的最新版也懒得去测试了

河南农大的姚文教授，用shiny做了很多在线数据库的工作，并且开源了所有代码，致敬并学习👍

附：姚教授的网站

https://venyao.xyz/Tools.html

http://www.biomarker.com.cn/archives/19385

百迈克的一篇文章，总结了BSA的历史

今天了解到了PlantCV这样一个针对植物表型分析的软件，基于最近reviewer提出的问题，值得学习和使用。

看完二代的survey发现之前基因组大小往多预估了25%。好消息是不用安排补测了，坏消息是多花了1/4的钱，希望组装质量能更高吧！

https://github.com/OpenGene/fastp/issues/491

今天使用fastp v0.23.3处理数据的时候提示"ERROR: Read name line should start with '@'"，检查了半天数据也没发现哪一行出问题了。搜索后发现别人也遇到了类似问题（以上链接），更新最新版fastp v0.23.4后解决，"mamba install -c bioconda fastp=0.23.4 -y"。

用shiny写了一个9个物种间基因转换的小工具，但是1to1的话感觉不太够用，还想添加一个1to3或者1to5的功能，但是这么大的数据量肯定得上数据库了。现在9个物种1to1的表格已经有1776025行了，1to5的话就是千万行的表格了，抽空学一下数据库吧，迟早都得学。（或者再用HDF5？）

今天实验室网站停止访问了，经检查是因为我关闭了服务器的80端口导致certbot的自动续签不能执行，已开放80端口，已修改20220611关于certbot使用方法的文章

鉴于现在博客内文章分类、检索、查看还是不够方便，因此有一个设想：使用R bookdown包，将文档分类整理，各自写成一本书。

2023年6月，Horticulture Research 上线了安徽农业大学园艺学院、安徽农业大学信息与计算机学院、四川大学生命科学学院等多家单位合作完成的题为quarTeT: a telomere-to-telomere toolkit for gap-free genome assembly and centromeric repeat identification的研究论文。

该研究开发了一款名为quarTeT的T2T基因组组装与端粒/着丝粒鉴定工具包，包含AssemblyMapper、GapFiller、TeloExplorer和CentroMiner四个子工具。