CaiGui's blog

一个拟南芥注释好不好用的小测试：

1.看AT1G26340，AT1G06960，AT1G26240的注释和TAIR能否对的上

2.看AT2G17950的注释是否同时有PGA6和WUS的名字

3.看AT1G09090的Curator_summary是否正常显示

读入gene_aliases_20220630.txt.gz文件就是个技术活，各种字符在里面捣乱

使用read.table读入时，一定要加上comment.char=""，否则连读都读不进去。

如果使用readr::read_table直接读取进来，不仔细检查的话，就会漏掉上面的问题。

最终输出整合好的注释时，也要注意对Curator_summary列使用iconv进行转换， 如下，否则在shiny使用时就会报错！

mutate(Curator_summary = iconv(Curator_summary, "UTF-8", "ASCII//TRANSLIT", sub = ""))。

拟南芥啊，做的人多，注释中存在的问题也就多，得多多注意！

一些公众号的名字真是让人头大，比如319Library，比如Cemps研究声。想找的时候老是想不起来该搜什么

TAIR上下载的ara11的最新注释的gff3版本，在gffread转为gtf格式时报错，没有仔细看为什么报错了。换成同个地址提供的gtf好一些了，但是此时gtfToGenePred需要添加-ignoreGroupsWithoutExons参数否则报错。

八成是ara11的gff3有问题，jgi13上下载的gff3都很好用= =

我发现这里才是TAIR下载最新注释的地方：

https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FGenes%2FAraport11_genome_release

RIdeogram，一个画染色体组型的R包

今日一坑

在tair下载的gff文件中，竟然有一行的染色体名称为OBChr1，有且仅有此一行。

导致我在使用gffread提取cds时报错= =，手动修改后就好了

https://www.arabidopsis.org/download_files/Public_Data_Releases/TAIR_Data_20220630/Araport11_GFF3_genes_transposons.Jul2022.gff.gz

homer的两个主要命令：findMotifsGenome.pl和findMotifs.pl。前者可以直接导入macs2的summit文件，后者适合找一些启动子共有的motif。

另外还有scanMotifGenomeWide.pl和seq2profile.pl，用来创建motif文件和搜索motif。

学习之前学过的东西真是一个痛苦的事情。

用默认的gitbook有以下几个问题：
分享功能国内环境不适用，搜索功能用不了中文，不过问题不大

下载一个ncbi的nt数据库，310G。aspera下载4G左右就报错(Session Stop (Error: Session data transfer timeout))，难以解决。换为wget，下载速度降低30%，但稳定多了，总共需要下载2d6h。
第二天的更新，nt数据库已经下载了85%，264G了，很稳定，不错不错👍

今日一坑，偶然发现本网站的“瞬间”页面打不开了，通过升级“瞬间”插件从v1.0.1到v1.3.0解决。突然意识到，之前备份只备份了文章，没有对“瞬间”页面中的内容进行备份，需要研究研究……