CaiGui's blog

如果写一本生信书，第一章应该讲清好处与坏处，先随便写写吧

做生信的坏处：
1. 视力下降，肥胖，高血脂，痔疮

2. 2. 自费购买高性能电脑、云服务器、学习资料、科学上网软件

3. 3. 工作也不好找，技术淘汰快，半年前的代码，现在可能已经过时了

4. 4. 要学习的东西太多，时间不够用

5. 5. 当一堆人的数据分析助理

做生信的好处：

1.时间灵活

2. 2.工作虽然仍不好找，但可能比同专业的好找一些

3. 3.挂名文章会多一些

4. 4.比较前沿

顺带记录另一个bug修复：

给shiny的downloadHandler返回一个datatable对象时，会导致下载文件不能按预期进行，而是下载一个html文件。将返回对象改为data.frame即可。

解决方法：大量搜索+连蒙带猜+多多尝试

在将拟南芥的注释导向hdf5格式后，发现AT1G09090和AT3G57990因为注释文件中含有德语字母“ß”而无法被正常读取。另外AT3G06580因为有“Ä”也无法被读取。

即使是排除了这三个基因，仍然无法读取剩余全部基因，说明还有基因的注释有问题。

https://docs.hdfgroup.org/archive/support/HDF5/doc1.8/Advanced/UsingUnicode/index.html

使用以下命令修改从上一条杂中下载到的最新注释中的Curator_summary列，即可正常读取。

`annot_convert <- annot %>%

mutate(Curator_summary = iconv(Curator_summary, "UTF-8", "ASCII//TRANSLIT"))`

拟南芥最新注释文件下载路径：TAIR_home——Download——Public Data Releases——下拉下载最新的

https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FPublic_Data_Releases

今天又遇到一个坑，计算LAI时，LTR_FINDER_parallel命令输出的fa文件，需要简化每条序列的名称。如下。

# 简化前 >ptg000045l start:0 end:62716

# 简化后 >ptg000045l

如果不简化，那么在后续的LTR_retriever中，会提示ERROR: No candidate is found in the file(s) you specified.

又耽搁了半小时，希望有缘人能搜到这里🐶

20231019

mac随航突然检测不到ipad怎么办？

关闭mac有线网，使用实验室wifi，ipad也连接实验室wifi，然后随航可以检测到了？然后切换回之前的网络就好。

不确定100%管用，反正这次管用了……
20231227更新，上面方法在多次使用成功后突然也不好使了，经过搜索，在mac和ipad的设置中重新登陆apple id后，mac可以检测到ipad，但连接显示报错-6709。又经过搜索，打开了ipad设置中iCloud的钥匙串，终于再次连接成功（mac端我这里之前就是打开的）。

20240115更新，mac的网络共享功能也可能会有影响，关了后好像更容易打开随航

随航这功能用出了解密的感觉，我真的是服啦！

20240124更新，还是在ipad重新登陆apple id最好用

https://www.plabipd.de/plant_genomes_pn.ep

小翠云的基因组已经可以在我经常用的这个网站上查询到了，搜索“Selaginella kraussiana”即可，👍

在github-juiceboxGUI中下载了v3.1.4，在手动校正阶段遇到bug。折腾了好几天，通过“灵光一现”在github-Juicebox中下载旧版v2.17.00解决。我是mac-m1。
比较旧的软件，也找不到解决方法，几天时间就又这么在怀疑人生中度过了……

ps: 旧版的仅仅可以解决一部分……，继续折腾中

https://bioinformatics.uconn.edu/genome-size-estimation-tutorial/

应该是最好的一个kmer原理教程了吧

一些解析Haplotype-resolved基因组的文章

Zhou, Q., Tang, D., Huang, W. et al. Haplotype-resolved genome analyses of a heterozygous diploid potato. Nat Genet 52, 1018–1023. 2020

Sun, X., Jiao, C., Schwaninger, H. et al. Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication. 2020

Chen H et al., Allele-aware chromosome-level genome assembly and efficient transgene-free genome editing for the autotetraploid cultivated alfalfa. 2020

Garg S et al. Chromosome-scale, haplotype-resolved assembly of humangenomes. 2020

Cheng, H., Concepcion, G.T., Feng, X., Zhang, H., Li H. Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm. 2021