CaiGui's blog

因为之前为了方便实验室人员登陆我的云服务器学习linux，添加了一个study用户，密码也是study。结果过年期间被美国ip登陆了5次，实验室网站也打不开了。重启nginx显示80端口被占用。kill掉占用的进程后，重启了nginx，服务器网站正常了。然后我直接把study这个账户删了，并把我的用户密码和root密码设置的更加复杂，后怕= =

sudo netstat -tulpn | grep :80
tcp6       0      0 :::80                   :::*                    LISTEN      882/apache2

用ggtree，对之前的特性不满意，一看已经迭代了不少版本了，想更新到最新版，即v3.4.4到3.10.0。但是3.10.0只支持R v4.3版本，脑子一热就把R从v4.2.2更新成v4.3.2。现在所有R包全部得重新安装，再次陷入恐惧= =

还是先去/Library/Frameworks/R.framework/Versions修改软连接切回4.2版本吧，4.3版本的monocle3又安装不上了，安装了gfortran-Intel-12.2-Ventura.dmg还是安装不上，monocle3这个垃圾软件呀
按官网给的安装方法多安装了几次竟然安装上了，看来我可以完全切换到4.3版本了？

那就先用4.3版本吧，但是seurat安装要慎重，听说v5不好用……

水稻两套注释互相转换时，应注意一对多和多对一的情况。

举例(我这里以两个方向上的1to3举例)，

msu 1 to N rap

Os01g0114400,Os01g0114401,Os01g0114450 LOC_Os01g02410.1

msu N to 1 rap ok

Os01g0260500 LOC_Os01g15560.1,LOC_Os01g15570.1,LOC_Os01g15580.1

输出结果时，可以检察以上基因对是否输出正确

grep LOC_Os01g02410 msu2rap.result.txt

grep Os01g0260500 msu2rap.result.txt

一个拟南芥注释好不好用的小测试：

1.看AT1G26340，AT1G06960，AT1G26240的注释和TAIR能否对的上

2.看AT2G17950的注释是否同时有PGA6和WUS的名字

3.看AT1G09090的Curator_summary是否正常显示

读入gene_aliases_20220630.txt.gz文件就是个技术活，各种字符在里面捣乱

使用read.table读入时，一定要加上comment.char=""，否则连读都读不进去。

如果使用readr::read_table直接读取进来，不仔细检查的话，就会漏掉上面的问题。

最终输出整合好的注释时，也要注意对Curator_summary列使用iconv进行转换， 如下，否则在shiny使用时就会报错！

mutate(Curator_summary = iconv(Curator_summary, "UTF-8", "ASCII//TRANSLIT", sub = ""))。

拟南芥啊，做的人多，注释中存在的问题也就多，得多多注意！

一些公众号的名字真是让人头大，比如319Library，比如Cemps研究声。想找的时候老是想不起来该搜什么

TAIR上下载的ara11的最新注释的gff3版本，在gffread转为gtf格式时报错，没有仔细看为什么报错了。换成同个地址提供的gtf好一些了，但是此时gtfToGenePred需要添加-ignoreGroupsWithoutExons参数否则报错。

八成是ara11的gff3有问题，jgi13上下载的gff3都很好用= =

我发现这里才是TAIR下载最新注释的地方：

https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FGenes%2FAraport11_genome_release

RIdeogram，一个画染色体组型的R包

今日一坑

在tair下载的gff文件中，竟然有一行的染色体名称为OBChr1，有且仅有此一行。

导致我在使用gffread提取cds时报错= =，手动修改后就好了

https://www.arabidopsis.org/download_files/Public_Data_Releases/TAIR_Data_20220630/Araport11_GFF3_genes_transposons.Jul2022.gff.gz

homer的两个主要命令：findMotifsGenome.pl和findMotifs.pl。前者可以直接导入macs2的summit文件，后者适合找一些启动子共有的motif。

另外还有scanMotifGenomeWide.pl和seq2profile.pl，用来创建motif文件和搜索motif。

学习之前学过的东西真是一个痛苦的事情。