CaiGui's blog

实验室一些常用的测序公司，记录一下：擎科（主要用来Sanger）、欧易、联川、美吉、晶能、诺禾、希望组、贝瑞。
另外我的微信好友列表还有基迪奥、伯豪、翌圣、菲沙、华大的销售。

另外还有百迈客也算耳熟。

最近还听说了吉因加，派森诺

今天突然发现实验室网站又又又又又又又又又又打不开了，发现原因是因为磁盘满了，检查后首先发现var/log/journal/的日志占了不少空间，使用以下命令清理后网站恢复正常。我还得再检查检查空间都去哪儿了。

add：删除了不用的docker镜像

add：发现halo在/var/lib/docker/containers/e3269169……路径下的log文件就有11G，清理掉。另外postgres数据库的log文件也不小了，同样清理掉。

# 设置var/log/journal/目录下的日志最大不超过10M
sudo journalctl --vacuum-size=10M 

# 清理docker的log文件
# 切换root用户
su
cd /var/lib/docker/containers/********
# 删除所有的特别大的log文件
cat /dev/null > e32691695*************-json.log

# 设置docke的log文件大小
vim /etc/docker/daemon.json
# --------------------------------
{
    "log-driver":"json-file",
    "log-opts":{
        "max-size" :"50m",
        "max-file":"1"
    }
}
# --------------------------------
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker

trimal中参数的设置，有的范围是0-1，有的范围是0-100，甚至还有-gapthreshold这个参数，你设置0.8的话，实际工作用的值是1-0.8=0.2，晕了

今天读文献的时候学到一个blast的技巧，可以使用blastdbcmd从建立的数据库中提取序列，提取多条的话用逗号隔开即可

makeblastdb -in Athaliana.fa -dbtype prot -parse_seqids -out at.db
blastdbcmd -db at.db -entry AT1G08710.2,AT1G06190.5

coge这个数据库太离谱，gff文件都不存，每次都得重新生成，生成出来的结果还乱七八糟。下载速度也特别慢，10kb每秒，太难用了

github上的ASTER是一个新的物种树推断工具，有需要可以学习使用

2024307把iqtree从v2.2.2.3升级到了v2.2.6

震惊，虽然我下载的是iqtree v2，但以前调用的命令都是iqtree，而不是iqtree2，导致一直调用的是v1版本？？？为什么v2版本还要保留v1的功能啊！！！

这两个命令到底一不一样？我还需要确认一下……

虽然设定了随机种子后运行两次出来的树构型一样，但是bootstrap值略有缺别，不过应该是一个东西……

因为之前为了方便实验室人员登陆我的云服务器学习linux，添加了一个study用户，密码也是study。结果过年期间被美国ip登陆了5次，实验室网站也打不开了。重启nginx显示80端口被占用。kill掉占用的进程后，重启了nginx，服务器网站正常了。然后我直接把study这个账户删了，并把我的用户密码和root密码设置的更加复杂，后怕= =

sudo netstat -tulpn | grep :80
tcp6       0      0 :::80                   :::*                    LISTEN      882/apache2

用ggtree，对之前的特性不满意，一看已经迭代了不少版本了，想更新到最新版，即v3.4.4到3.10.0。但是3.10.0只支持R v4.3版本，脑子一热就把R从v4.2.2更新成v4.3.2。现在所有R包全部得重新安装，再次陷入恐惧= =

还是先去/Library/Frameworks/R.framework/Versions修改软连接切回4.2版本吧，4.3版本的monocle3又安装不上了，安装了gfortran-Intel-12.2-Ventura.dmg还是安装不上，monocle3这个垃圾软件呀
按官网给的安装方法多安装了几次竟然安装上了，看来我可以完全切换到4.3版本了？

那就先用4.3版本吧，但是seurat安装要慎重，听说v5不好用……

水稻两套注释互相转换时，应注意一对多和多对一的情况。

举例(我这里以两个方向上的1to3举例)，

msu 1 to N rap

Os01g0114400,Os01g0114401,Os01g0114450 LOC_Os01g02410.1

msu N to 1 rap ok

Os01g0260500 LOC_Os01g15560.1,LOC_Os01g15570.1,LOC_Os01g15580.1

输出结果时，可以检察以上基因对是否输出正确

grep LOC_Os01g02410 msu2rap.result.txt

grep Os01g0260500 msu2rap.result.txt