CaiGui's blog

服务器给mac使用scp传输文件，需要打开mac的通用-共享-远程登录，否则会报22端口的Connection refused

在mac上通过修改vim ~/.Renviron，添加R_MAX_VSIZE=100Gb，可以解决pheatmap画图中的Error: vector memory exhausted (limit reached?)报错

发现一本讲述《早期陆地植物》的在线书，20多年前写的，现在还能看，记录并分享给大家

https://ucmp.berkeley.edu/IB181/VPL/Elp/ElpTitle.html

实验室一些常用的测序公司，记录一下：擎科（主要用来Sanger）、欧易、联川、美吉、晶能、诺禾、希望组、贝瑞。
另外我的微信好友列表还有基迪奥、伯豪、翌圣、菲沙、华大的销售。

另外还有百迈客也算耳熟。

最近还听说了吉因加，派森诺

今天突然发现实验室网站又又又又又又又又又又打不开了，发现原因是因为磁盘满了，检查后首先发现var/log/journal/的日志占了不少空间，使用以下命令清理后网站恢复正常。我还得再检查检查空间都去哪儿了。

add：删除了不用的docker镜像

add：发现halo在/var/lib/docker/containers/e3269169……路径下的log文件就有11G，清理掉。另外postgres数据库的log文件也不小了，同样清理掉。

# 设置var/log/journal/目录下的日志最大不超过10M
sudo journalctl --vacuum-size=10M 

# 清理docker的log文件
# 切换root用户
su
cd /var/lib/docker/containers/********
# 删除所有的特别大的log文件
cat /dev/null > e32691695*************-json.log

# 设置docke的log文件大小
vim /etc/docker/daemon.json
# --------------------------------
{
    "log-driver":"json-file",
    "log-opts":{
        "max-size" :"50m",
        "max-file":"1"
    }
}
# --------------------------------
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker

trimal中参数的设置，有的范围是0-1，有的范围是0-100，甚至还有-gapthreshold这个参数，你设置0.8的话，实际工作用的值是1-0.8=0.2，晕了

今天读文献的时候学到一个blast的技巧，可以使用blastdbcmd从建立的数据库中提取序列，提取多条的话用逗号隔开即可

makeblastdb -in Athaliana.fa -dbtype prot -parse_seqids -out at.db
blastdbcmd -db at.db -entry AT1G08710.2,AT1G06190.5

coge这个数据库太离谱，gff文件都不存，每次都得重新生成，生成出来的结果还乱七八糟。下载速度也特别慢，10kb每秒，太难用了

github上的ASTER是一个新的物种树推断工具，有需要可以学习使用

2024307把iqtree从v2.2.2.3升级到了v2.2.6

震惊，虽然我下载的是iqtree v2，但以前调用的命令都是iqtree，而不是iqtree2，导致一直调用的是v1版本？？？为什么v2版本还要保留v1的功能啊！！！

这两个命令到底一不一样？我还需要确认一下……

虽然设定了随机种子后运行两次出来的树构型一样，但是bootstrap值略有缺别，不过应该是一个东西……