caigui
HiC数据处理之HiCPro
1. 前言 处理hicpro，比较好的还有hicup，juicer和HiCpipe 可视化的话，考虑使用HiCExplorer，HiCPlotter，juicer和hicpro hicpro的作者已经很久没有维护了，安装和使用过程中有很多坑，需要非常注意！ 2. Try # 安装，github下载压
HiC数据可视化之HiCExplorer
1. 前言 HiC数据可视化工具有R包HiTC（直接支持HiC-pro的输出），HiCPlotter（直接支持HiC-pro的输出）和HiCExplorer（作用矩阵需要使用h5格式，提供工具对.hic文件和hicpro输出的转换），juicerbox（.hic文件），plotgardener（.h
HiC数据处理之HiCup
1. 前言 除了hicpro外，有时间再试试hicup，juicer和HiCpipe吧，先试试hicup 相关链接如下： https://stevenwingett.github.io/HiCUP/ https://github.com/StevenWingett/HiCUP https://www
HiC辅助组装基因组，juicer+3D-DNA和ALLHIC流程
1. 前言 写于20211009，现在重新整理发布于这里 2. juicebox+3D-DNA流程 安装juicer和3ddna。 建立fastq文件夹，cat分别合并 R1和R2测序文件。 建立reference文件夹，放入.fa文件，用以下命令进行预处理 mamba activate juice
conda安装samtools解决依赖的问题
1. 问题描述 mamba直接安装的samtools提示缺失libtinfow.so.6和libncursesw.so.6 https://github.com/samtools/samtools/issues/1822 https://www.jianshu.com/p/f8a0692df264
linux安装cuda
1. 前言 因为处理hic数据的juicer需要cuda，所以就安装一个吧！ 下载链接：https://developer.nvidia.com/cuda-downloads 显卡是否支持cuda及计算能力：https://developer.nvidia.com/zh-cn/cuda-gpus 2
给实验室服务器更新debian，R和Rstudio
1. 服务器debian升级 由于最新版rstudio server需要debian10，而服务器是debian9。因此给服务器升级一下 lsb_release -a # ------- # No LSB modules are available. # Distributor ID: Debian
给云服务器安装一个R
这篇主要是ROOT用户给服务器全局安装一个R和RStudio-server 1 前言 为了能用shiny在线可视化图表，需要安装一个R 1.2 安装R R安装官方教程 apt-cache search "^r-.*" | sort #查看你当前的源靠不靠谱 #不靠谱的话，在这个文件下/etc/apt
在服务器上部署shiny-server
怎么在我的小破服务器上部署shiny—server 官网：https://posit.co/download/shiny-server/ 1. 方法 在腾讯云域名里，添加一个泛解析，就是主机记录写成“*”，记录值填你的服务器ip。在阿里云服务器管理平台中，开启3838端口。 在服务器安装最新的R，默
使用Github和PicGO制作自己的Markdown图床
作者：CG 1 前言 之前图片都放到自己的服务器上，但考虑到今后写的markdown文档中的图片长期可见，所以我希望有一个免费、好用、稳定、快速的图床来存储自己的图片。 经过简单了解后，找到了这一个组合，通过TinyPNG压缩图片，PicGO快捷上传图片和生成外链，Github储存图片，来达到一个较
使用Finder进行基因注释
作者：CG 20211025 1 前言 在2021年4月，Finder的文章发表在BMC Bioinformatics上，与它的前辈Maker，Braker一样，都是用来自动注释基因的管道。（什么时候可以来个Guier？） 因为是新文章，我搜了搜，目前网上还没有中文教程。 在我因为使用braker时
使用certbot管理SSL证书
官网：https://certbot.eff.org/ 1. 初次设置 # (具体安装方法要在certbot的网站看，这里展示的是nginx+debian10的安装方法) sudo apt update sudo apt install snapd # 重启服务器 sudo snap install
Mac安装homebrew
前言 一个mac下的包管理软件，在这里备份一下参考的用的中文资料 安装 https://brew.sh/. #官网 https://gitee.com/cunkai/HomebrewCN. #安装 https://blog.csdn.net/CaptainJava/article/details/1
M1芯片的mac如何安装单细胞轨迹分析软件monocle3
1. 前言 想给单细胞数据进行拟时序分析，需要下载一个相关的软件。 这类软件挺多的，但最经典的还是monocle，目前最新版是monocle3（20220217）。 但是这个软件依赖非常多，挺难安装的，在monocle3 github主页的issue和其google group里报告了许许多多的安装
docker和Singularity的简单使用命令
docker和Singularity的简单使用命令 docker 菜鸟教程: https://www.runoob.com/docker/docker-tutorial.html 做个小笔记，方便用 1. docker 1. docker安装 # 安装docker: https://docs.doc
文献阅读-20230513-水蕨根尖分生组织的细胞水平发育过程，水蕨幼龄孢子体的转录组分析揭示了根尖分生组织干细胞因子的保守性
1. 背景 文章标题：1. Development and Cell Cycle Activity of the Root Apical Meristem in the Fern Ceratopteris richardii; 2. Transcriptional analysis of Cerat
mapman初探
0. 参考资料 mapman官网 https://mapman.gabipd.org/mapman mercator4 https://www.plabipd.de/mercator_main.html 视频1: MapMan植物通路注释软件使用教程 https://www.bilibili.com
文献阅读-20230505-江南卷柏的表达图谱为维管、次级代谢和根的进化提供了新见解
1. 背景 文章标题：Expression Atlas of Selaginella moellendorffii Provides Insights into the Evolution of Vasculature, Secondary Metabolism, and Roots 发表时间：20
自己构建一个国内可以直接访问chatGPT
1.参考资料 为了不掉线，加上给不会科学上网的亲人用，得搞一搞了 生信石头 https://mp.weixin.qq.com/s/bgpufdSmZnspd3N7D1LIsw 2.需要用到的工具 使用github的Yidadaa/ChatGPT-Next-Web构建，Vercel部署。 API因为N
使用Rfam和Infernal注释基因组的非编码RNA
1. 全过程 官网：https://rfam.org/ 官网给的Rfam/Infernal基因组注释教程： https://docs.rfam.org/en/latest/genome-annotation.html 简书文章：https://www.jianshu.com/p/ca3f382c19