在服务器上部署shiny-server

caigui

2023-05-23

生信工具折腾

180

怎么在我的小破服务器上部署shiny—server

官网：https://posit.co/download/shiny-server/

1. 方法

在腾讯云域名里，添加一个泛解析，就是主机记录写成“*”，记录值填你的服务器ip。在阿里云服务器管理平台中，开启3838端口。
在服务器安装最新的R，默认情况下debian10只能安装3.6的R，根据官方文档安装成4.2的R。
安装shiny server，按照官方文档就可以了。
由于我的小破服务器内存只有2G，在安装一些R包（就是你，rcppeigen）时会因为内存不足报错。解决方法是在服务器设置一个交换空间，我设置了一个4G的，目前用着是感觉够用了。毕竟这云服务总共也就60G空间。另外，这个交换空间最好一直启用，否则后续可能打开一个shiny应用，服务器就崩了。

cd /
sudo dd if=/dev/zero of=swapfile bs=4M count=1024
sudo chmod 600 swapfile
sudo mkswap swapfile
sudo swapon swapfile
sudo vim /etc/fstab
# 最后一行添加 "/swapfile none swap sw 0 0"，这样就算服务器重启也不用重新设置了
# 另外一些相关命令
sudo swapoff -a # 关闭所有交换空间
sudo swapon -a # 挂载 /etc/fstab 文件中列出的所有交换空间
sudo swapon -s # 检查所有的交换空间

用root账户在linux里启动R环境，安装shiny中需要的R包。这个时候就可以通过（ip+端口+项目文件夹名称，比如http://47.101.222.2:3838/01_hello）使用shiny-server了。
配置nginx反向代理，具体来说就是在/etc/nginx/sites-available/defaulthttp里添加下面这段，之后用软链接，链接到/etc/nginx/sites-enabled里。配置好后就可以通过shiny.caigui.site/01_hello使用了。

server {
    listen       443 ssl;
    server_name  shiny.caigui.site www.shiny.caigui.site;
    location / {
                proxy_pass http://127.0.0.1:3838;
    }
}

但想上面这样配置好还有一个问题，通过类似shiny.caigui.site/01_hello的链接打开的shiny页面，其中的动态元素呈现灰色，不能正常使用（具体来说，这个情况出现在mac的chrome浏览器中，使用iphone的chrome浏览器就正常了，windows我没有测试）。解决方法是，在/etc/shiny-server的shiny-server.conf🌟的最下面，添加“sanitize_errors off;disable_protocols xdr-streaming xhr-streaming iframe-eventsource iframe-htmlfile;”,添加完后就正常了。解决方法来自这里,另外shiny-server的官方文档在这里。
现在可以在mac端和手机端通过类似于shiny.caigui.site/01_hello。另外，调试中，要及时清空缓存和cookie，否则做的更改有可能不能及时刷新。

2. 感想

每一步都有一堆坑，总共耗时一周，才搞定了这个玩意，真是不容易啊！

3. R包版本控制

问题起源，在root用户下安装了1.3.1版本的tidyr包，运行Rstudio-server时，app可以正常运行。但部署到网站后，打开报错tidyr版本只有1.2.1，不符合要求。

.libPaths()
# root R env
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" 
[2] "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"
> find.package("tidyr")
[1] "/usr/local/lib/R/site-library/tidyr"

# caigui R env
[1] "/home/caigui/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

# shiny R env
[1] "/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"
> find.package("tidyr")
[1] "/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/tidyr"

# 可能的原因是，我最开始在shiny用户下安装了一些R包，当我最近都在root环境安装新包的时候，shiny用户也可以正常调用
# 但当我更新旧的R包时，shiny用户仍然在"/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2"调用了旧的包
# 这次就先省点事，直接在shiny用户下更新tidyr包吧，更新后work了！

# 算了，一劳永逸的解决吧
su shiny
cd /home/shiny
vim .Rprofile
# 添加下一行
# .libPaths(c("/usr/local/lib/R/site-library", "/usr/lib/R/site-library", "/usr/lib/R/library"))
R
.libPaths()
# 修改成功
# [1] "/usr/local/lib/R/site-library" 
# [2] "/usr/lib/R/site-library"
# [3] "/usr/lib/R/library"

# 以后就直接在root下安装R包即可。

4. 一个问题的修复，‘==’ only defined for equally-sized data frames 报错解决

突然有一天，师弟提醒，网站单细胞数据的umapplot和violinplot不能正确显示，报错‘==’ only defined for equally-sized data frames
我在网页端复现，确实如此。但是远程连接Rstuio，使用shiny用户，这俩个图表却是正常显示。
谷歌搜索，发现有人提到和ggplot2的版本有问题：https://github.com/tidyverse/ggplot2/issues/5619。看来这是一种可能了。
在Rstudio-shiny中检查libpaths，发现这时多了一个"/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2"，理论上应该没有这个的，因为我在##3中设置过了。删除掉这个后，果然在Rstudio-shiny中复现了网页端的错误。

> .libPaths()
[1] "/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2" "/usr/local/lib/R/site-library"                
[3] "/usr/lib/R/site-library"                       "/usr/lib/R/library"

因此，就是"/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2"路径中有没问题的包，所以Rstudio-shiny运行时正常，但在网页端没有这个路径，导致运行时报错。
首先，我决定重新在R-root中重新安装ggplot2，测试是否可以恢复。
安装了新版本3.5.1，还是没有恢复。
重新安装单细胞应用中，所有用到的包。

install.packages("cowplot")
install.packages("data.table")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("hdf5r")
install.packages("magrittr")
install.packages("patchwork")
install.packages("rlang")
install.packages("Seurat")
install.packages("SeuratObject")
install.packages("shiny")
install.packages("shinythemes")
install.packages("shinyWidgets")
install.packages("stringr")
install.packages("tibble")
install.packages("tidyverse")

安装完后就恢复了。重新安装过程中，好像有的包也没安装成功？总之，最后我也不知道是哪个包出了问题，总之是修复了，有点搞笑。